在物流成本下降的同时，公司不断降低免运费门槛，从最初的99美元以上订单免运费，到49美元以上，2002年进一步降至25美元以上订单免运费——1999年时公司从客户处收取的运费相当于运输成本的105%，而到2004年时已降低至68%。2005年，亚马逊又推出Amazon Prime会员服务，即，1年支付会费79美元就可享受无限量的2日内送达免运费服务，以及折扣价的次日送达服务，2005年11-12月的购物季，Amazon Prime的会员数翻倍，会员的大量采购使亚马逊四季度的毛运输成本上升20%到2.8亿美元，剔除运费收入后的净运输成本上升17%，达到9100万美元。
　物流执行能力不仅决定了电子商务企业的盈利空间，也是电子商务模式能够顺利拓展的后台保障，与商场购物相比，网络购物虽然提供了在家消费的便利，但对于消费者来说，必须承担“等待”的代价。因此，等待时间的长短在很大程度上决定了网络购物的吸引力，而能否将货物及时、准确和安全的送达成为电子商务顺利运营的后台保障，并进而成为企业的营销利器。

　　1999-2003年，亚马逊对物流体系进行了重新的梳理整合，使总运输成本从13.8%下降到9.7%，使订单执行成本从最高时的15.0%下降到9.1%，下降的物流成本不仅贡献了利润，也为网站促销提供了新空间。

根据亚马逊的测算，2005年，Amazon Prime和其他免运费促销总计为消费者节约了4.75亿美元的运费支出，这也就意味着亚马逊相应为消费者补贴了4.75亿美元的运费。补贴的直接后果是导致2005年四季度公司没能达到利润目标，并使业绩公布当天的股价暴跌10%。当时，很多投资人质疑亚马逊的物流促销方案是否太“昂贵”了，对投资人来说是否值得。

　　但亚马逊仍坚持推广它的物流促销计划，到2010年9月时，亚马逊从消费者那儿收取的运费仅能覆盖毛运输成本的48%，相应地，净运输成本从零上升到销售收入的4%左右(如果不是运输成本的降低，同样的免运费服务将使净运输成本/销售收入上升到7%)，但是，市场份额的增长和销售规模的扩张降低了订单执行的固定成本，而其他业务的开展则弥补了净物流成本的损失。综上，物流体系的有效控制成为电子商务企业的核心竞争能力。

　　但国内物流行业集中度低，电子商务领域更是如此。在成本的压力下，曾经以“全场免运费”招牌招揽顾客的京东商城也不得不选择收回“免费午餐”。

　　11月25日，京东商城发布公告称，将参照行业做法即日起对金额不足39元的订单收取5元运费，钻石级和双钻级用户可以继续享受全场免运费的特别优惠。按照规定，以上两种用户资格分别需要一年内累计消费达到3万元和10万元方能获得。

　　国内电子商务产业整体的物流需求很大，单一订单规模却很小，而且地域分散，难以发挥规模经济效应。经济学上将这类需求称为“碎片需求”。“碎片需求”导致了“碎片供给”，即，提供产品或服务的物流(快递)企业数量众多，规模小，竞争激烈。

　　“碎片供给”的结果通常是行业整体的激烈价格战，在成本难以压缩的情况下，价格的下降必然是以服务品质的下降为代价的，于是就出现了“针对网络购物的投诉中80%都是针对快递环节投诉”的现象。

　　为此，2010年10月国家出台新规，提高了快递行业的准入门槛，但特许加盟方式下行业的真实集中度仍很低。总之，虚拟网络销售平台与实体物流网络的结合面临行业集中度低、难以发挥规模效应的瓶颈。