影响物流运输成本高的因素很多，包括人的因素，如专业人才缺乏、战略成本意识不强、全员成本意识不强；技术因素，如运输技术装备落后，先进的管理技术手段和管理信息系统不够普及，交通规划不科学；有体制原因、成本核算、考核制度不健全等；也有政策原因，如交通资源重复投入和建设，不必要的资源浪费，不合理的综合交通规划。
影响运输成本的因素是多方面的、综合的，这就要求对运输成本的分析要采用系统的观点、综合的分析。在控制物流运输成本的过程中，也要进行综合管理，多管齐下。
控制运输成本的措施
加强运输成本核算和考核
要树立现代物流理念，引进先进的物流运输管理和优化方法，根据企业的实际情况，寻找提高运输管理水平、降低运输成本的最佳途径。完善物流管理体系，建立物流运输管理部门，实现物流管理专业化。应用物流作业成本法（ABC），将反映物流成本和运输成本的数据从财务会计数据中准确分离出来，统一企业成本计算口径。在提高物流服务水平的同时，要加强预算管理，强化成本管理意识，实行定额管理和目标成本管理，分解成本控制目标，明确责任，实现责、权、利相结合，加强成本核算和考核。
提高全员物流成本意识
运输成本占物流成本和销售总额的很大比例，突出了运输成本管理的重要性。运输成本的控制不是由哪个部门或几个部门，哪个工人或哪个工种来完成，而是需要物流管理、物流乃至整个物流职能环节和所涉及的部门，以及全体员工，科学规划和协调，做好大家关心的成本管理、参与和成本控制，降低物流成本和物流总成本。
提高企业物流运输管理水平
运用系统观不断优化运输资源配置，提高管理技术和方法的运用，提高运输管理水平，树立物流战略成本管理理念，追求整个供应链，物流运输全流程成本最小化，不断挖掘运输成本降低潜力，降低物流成本水平。
消除运输中的不合理现象
物流运输不是一个孤立的环节，在运输组织、运输活动等相关环节要科学规划、统筹安排，尽量压缩不必要的环节，降低个别环节的成本。对有条件的直达运输，应尽量采用直达运输，减少二次运输。同时，要消除对流和隐含输送、间接输送、重复输送、过远输送等不合理现象。
合理选择运输方式，提高运输效率
运输工具的合理选择。在目前各种交通工具并存的情况下，有必要注意不同货物的特点和对物流及时性的要求，综合评价运输方式的特点，以便合理选择运输手段，并尽量选择便宜的交通工具。
运输方式的合理选择。合理组织多式联运。采用零担集装、集装箱、空运等方式，扩大每批运输量，减少运输量。采用整车运输、异地均衡合理的产销运输、直达运输、直拨运输等合理的运输形式，有效降低运输成本。
增加运输工具的技术负荷。商品包装的改进，车辆装载技术和装载方法的改进，以及不同货物的搭配或组装运输，可以使同一运输车辆尽可能多地装载货物，最大限度地利用运输车辆的装载吨位，充分利用装载能力，提高运输车辆的使用效率。对有条件的货物进行托盘运输。
科学设计传输网络实现最佳传输
在确定了运量、运距、生产能力和消耗量的情况下，充分利用运筹学、管理数学中的线性和非线性规划技术、网络技术等解决运输组织问题的方法，制定科学合理的运输计划和方案。
配送是运输的功能延伸，主要服务于支线运输。通过高效配送，提高物流规模效率，实现联合配送也可以降低物流和运输成本。选择最佳配送方式，实现车辆运营效率，从而降低配送成本。同时，也提高了供应保障程度，降低了库存成本，从而降低了物流总成本。
利用现代物流信息系统
现代物流的发展离不开现代物流信息系统。信息技术的关键是提高信息采集、处理和传播的速度和信息的准确性，实现信息共享，有效减少冗余信息的传输。通过运输管理系统（TMS）等管理信息系统的有效对接，可以使运输环节的操作或业务处理准确快速；也有利于建立统一的物流管理战略体系，通过信息系统的数据采集、预测和分析，控制和降低物流成本；同时，可以与用户共享需求信息资源，处理可能出现的各种需求，及时调整运输计划，避免无效作业，减少作业环节，消除作业延误，从而从整体上控制物流和运输成本失效的可能性。
通过整合运输能力促进资源优化配置
消除企业内部部门间壁垒、企业间壁垒、区域壁垒对物流运输资源的浪费及其对效率的影响。企业内部要实现信息管理，通过建立综合信息平台，努力加强企业间的横向沟通和信息共享，改变以往相对封闭的状态，改变“自主管理”、“小而全”的经营模式，资源共享，实施物流外包。这样可以减少企业间重复建设造成的资源浪费和效率低下，优化社会和企业资源配置，减少企业投资，降低运输成本。
提高服务质量降低运输成本
加强物流和运输服务质量管理是降低物流和运输成本的有效途径。不断提高物流质量，可以减少和消除各种差错和事故，减少各种不必要的费用，降低物流运输过程的消耗；它可以保持良好的信誉，吸引更多的客户，形成规模，集约经营，提高效率，从根本上降低物流和运输成本。